結核や感染症など社会全体として予防や治療を行う必要のある病気や、身体障害者、児童など特に保護をする必要がある方などについては、特別な法律によって、医療費の全額や患者自己負担分を国や地方自治体が負担します。このような公費による負担が行われるときには、国民健康保険の給付と重複しないように調整がなされます。
一般的には、公費負担分よりも国民健康保険の給付のほうが優先し、患者の自己負担分に対して公費負担が行われます。
市区町村によっては、乳幼児医療費助成事業などを実施していることもあります。